Vor allem bildlichen Quellen ist es zu verdanken, dass Hinweise über die Form und Ausstattung der historischen Krankensäle erhalten sind.

Vom Wiener Krankensaal existieren keine Darstellungen - es ist jedoch anzunehmen, dass er ähnlich gestaltet war wie der Krankensaal im Grazer Hospital, das ein Jahr später, 1615, gegründet worden ist. 

Der Saal war langgestreckt und mit vielen Fenstern versehen. An einem Ende dominierte der Altar, an dem die Priester die Messe für die Kranken zelebrieren konnten. Die Betten für die Patienten standen an den Längsseiten. Es waren „Kastenbetten“ (Himmelbetten) mit Gestängen und Vorhängen, wodurch die Patienten auch Privatsphäre hatten und die Intimsphäre gewahrt werden konnte. Während der Gottesdienste knieten die Ordensbrüder zwischen den Betten.  

Die Kranken erhielten alle ein eigenes Bett, saubere Bettwäsche und auch eigene Krankenbekleidung. Vor Aufnahme in das Krankenhaus wurden die Patienten gereinigt und, falls notwendig, auch von Ungeziefer befreit.