Das Jahrhundert begann traurig für die Brüder in Wien. In der Nacht von 12. auf 13. Februar 1801 wurde im Konvent eingebrochen. Der damalige Prior fand dabei den Tod, die Mörder konnten mit der Kasse fliehen. Da durch den Diebstahl der Spitalsbetrieb nicht mehr zu gewährleisten war, erhielten die Ordensbrüder ein unverzinsliches Darlehen vom Kaiser.
1809 wurde die Stadt Wien von den Franzosen beschossen und kapitulierte. Das Brüder-Spital wurde ein französisches Lazarett. Die Ordensbrüder holten heimlich auch Österreicher in das Krankenhaus, um sie zu versorgen.
1814 gab es Überlegungen, das Krankenhaus in die Nähe des Rekonvaleszentenheims zu übersiedeln. Dafür fehlte aber das Geld. Einen Vorschlag der Regierung von nicht ganz Mittellosen Geld für die Behandlung zu nehmen, lehnte der Orden ab. Daraufhin verweigerte die Regierung den Brüdern ein Jahr später, 1815, die Unterstützung.
1828 wurde ein Bad mit Wanne für Patienten mit Hautkrankheiten eingerichtet.
1830 richtete eine große Überschwemmung enormen Schaden an. 70 Menschen fanden dabei im Spital den Tod. Im selben Jahr erweiterten die Ordensbrüder das Krankenhaus und das Noviziat.
Auch der Bereich für geisteskranke Patienten wurde vergrößert. Und: das Krankenhaus wurde in diesem Jahr an das städtische Kanalnetz angeschlossen.
1834 schenkte ein unbekannter Wohltäter dem Orden den Florianihof in Kritzendorf. 1910 wurde dort eine „Pflegeanstalt für arme, unheilbare und chronisch Kranke“ mit 100 Betten errichtet.
1838 wurde das Spital neuerlich ausgebaut. Es entstand ein Oberstock im Hof mit 50 Betten. Dort wurde eine eigene Station für Patienten mit Blattern, Syphilis und Hautkrankheiten eingerichtet.
1847 führte Frater Coelestin Opitz OH (siehe nebenstehendes Bild), selbst Chirurg und Doktor der Medizin, als einer der Ersten eine Äthernarkose in Prag durch. 1848 kam er nach Wien an das Brüder-Spital.
1848 kam es in Wien zu bewaffneten Unruhen. Wieder einmal waren die Barmherzigen Brüder zu Stelle: kümmerten sich um Verwundete und gewährten vielen Familien der Leopoldstadt Zuflucht hinter den Klostermauern.
1850 wurde das Hofgebäude total saniert. Zeitgleich wurde ein Duschbad mit kaltem Wasser eingebaut. In den 1850-er Jahren wurde auch ein Dampfbad eingerichtet.
