Mit den baulichen Maßnahmen in den 1960-iger Jahren wurde auch eine Spitalskapelle eingerichtet. Renovierungsarbeiten erfolgten 1988 unter Pater Prior Ildefons Pernsteiner und schließlich die letzte Neugestaltung im Jahr 2003 unter dem damaligen Pater Prior Frater Markus Wittmann. Dieser setzte eine farbenfrohere Raumfassung, vor allem aber für eine Neugestaltung der liturgischen Schwerpunkte des Sakralraumes - Altar, Tabernakel und Ambo - ein. Moderne Glasgemälde, durch die das Außenlicht einfällt, verleihen dem Sakralraum eine eigene Atmosphäre.
Anläßlich der Weihe des neuen Altars und des Raumes wurde die bisherige Krankenhauskapelle zur Kirche erhoben.
Die Krankenhauskirche, mit ihrem außergewöhnlichen trapezförmigen Grundriss befindet sich in Haus C auf Ebene 1. Der Saalraum weitet sich von der Eingangsseite im Süden.
Ordensgründer am Altarbild
Das Altargemälde (siehe Foto) stammt von Prof. Josef Michels. Es zeigt den Ordensgründer der Barmherzigen Brüder, den Hl. Johannes von Gott mit einem Kind am Arm und umringt von Menschen. Die Orgel der Krankenhauskirche hat an der Brüstung der Orgelempore drei Reliefs, die dem Ordensheiligen Richard Pampuri gewidmet sind.
Unsere Konventkirche
Die kleine Barockkirche an der Süd-West-Ecke des Spitalkomplexes ist der heutigen Form wohl im Jahr 1739 entstanden, denn diese Jahreszahl steht auf der Glocke. Die ursprüngliche Kapelle dürfte allerdings bereits 1712/1713 erbaut worden sein, mit dem Kirchenpatrozinium "Maria Schnee". MIt der Berufung der Barmherzigen Brüder nach Eisenstadt durch Fürst Paul Anton I. Esterházy wurde die Kapelle erneuert und vergrößert und erhielt als neuen Patron den hl. Antonius von Padua.
Die Barmherzigen Brüder und Joseph Haydn
Die Bekanntschaft Joseph Haydns mit den Barmherzigen Brüdern in Wien brachte ihn nach Eisenstadt und zur Familie Esterhazy. Die "Kleine Orgelsolomesse" in B-Dur mit dem Titel "Missa brevis Sti. Joannis de Deo" hat Joseph Haydn für die Barmherzigen Brüder in Eisenstadt nach den Möglichkeiten der kleinen Orgel in ihrer Kirche geschrieben. Bis heute ein unauslöschliches kirchenmusikalisches Kunstwerk.
Die "Haydnorgel"
Die kleine zierliche Barockorgel aus der Barmherzigenkirche stammt aus dem Jahre 1732. Sie wurde im Jahre 1969 im Zuge einer großen Restaurierung in den ursprünglichen Zustand zurückversetzt. Da Joseph Haydy selbst auf dieser Orgel spielte und für dieses Instrument die "Kleine Orgelsolo-Messe" verfasste, wird dieses Instrument auch "Haydnorgel" genannt. Heute so wie damals ist das Spiel dieser Orgel für die Gottesdienstbesucher ein künstlerisch-religiöses Erlebnis.
Ort der Hoffnung
Der „Ort der Hoffnung“ entstand aus einer prämierten Mitarbeiteridee zu einem überkonfessionellen Raum.
Er befindet sich neben der Krankenhauskirche und bietet Gelegenheit zur Meditation, Stille und Gebet - unabhängig von Religionszugehörigkeit und Weltanschauung. Der Raum steht Patienten, Angehörigen und Mitarbeitern rund um die Uhr offen.
Ort für spirituelle und religiöse Bedürfnisse
Der „Ort der Hoffnung“ steht allen Menschen offen, im Besonderen auch jenen mit unterschiedlichen kulturellen, spirituellen oder religiösen Bedürfnissen.
Die Ausstattung des Raumes ist in warmen Farben gehalten. An der einen Seite des Raumes hängt ein Keramik-Kunstwerk, das stilisiert einen Granatapfel darstellt. Dieses Kunstwerk wurde von Mitarbeitenden unseres Hauses erstellt. Das Bild des Granatapfels stellt eine Verbindung zum Orden und den Werten der Barmherzigen Brüder dar.